Kemajuan dalam pengurutan DNA dan kekayaan data genom yang dihasilkan oleh teknologi pengurutan generasi berikutnya (NGS) telah menciptakan peluang startup untuk membangun perangkat lunak bagi para ahli biologi sehingga mereka dapat lebih mudah menganalisis data besar ini dan mengambil lompatan berikutnya. Hal ini dapat membantu dalam pengembangan vaksin baru, pengobatan kanker, dan sebagainya.
Selama empat tahun terakhir, MiLaboratories, sebuah startup yang berbasis di San Francisco dengan fasilitas R&D di Bilbao, Spanyol, telah membangun platform biologi komputasi untuk memudahkan para ahli biologi memproses, menganalisis, dan mengumpulkan data mereka. Ini menggabungkan fitur-fitur seperti visualisasi data dan AI generatif untuk meningkatkan kegunaan.
IKLAN
GULIR UNTUK MELANJUTKAN KONTEN
Platform ini juga dirancang untuk menjadi pasar bagi ilmuwan lain sehingga mereka dapat mendistribusikan alat komputasi yang lebih terspesialisasi dalam bentuk aplikasi untuk terus memperluas kegunaannya bagi komunitas riset genomik. MiLaboratories menargetkan ilmuwan yang keahliannya meliputi biologi, ilmu komputer, dan matematika – yang disebut ahli bioinformatika.
“Ini adalah pendekatan gaya 'tanpa kode' bagi para ahli biologi Dan kami juga merilis SDK (open source) – kit pengembangan perangkat lunak – yang memungkinkan ahli bioinformatika membangun aplikasi nyata,” kata CEO Stan Poslavsky kepada TechCrunch.
“Sepanjang karier ilmiah saya dan para pendiri kami, kami melihat banyak sekali inefisiensi. . . “Bagaimana terapi modern, bagaimana obat-obatan modern dikembangkan,” jelasnya. “Karena adanya gesekan antara data – data besar, yang dihasilkan oleh para ahli biologi, pengurutan data – dan analisis data yang tidak tersedia bagi mereka.”
Meskipun ada “ribuan” program perangkat lunak dan alat yang dapat melakukan analisis data NGS, katanya sebagian besar telah dikembangkan di dunia akademis, di mana fokusnya cenderung pada kegunaan dibandingkan kegunaan.
Ahli biologi juga perlu mengumpulkan dan mengintegrasikan hasil dari berbagai analisis, katanya. “Dalam gambaran terpadu, ini memungkinkan Anda memahami apa yang sedang terjadi. Dan di sinilah platform kami membantu secara signifikan,” sarannya.
Startup ini berharap platformnya akan membebaskan para ahli bioinformatika dari tugas menangani pekerjaan kasar dalam memproses data genom sehingga para ilmuwan multidisiplin ini dapat menerapkan keahlian mereka pada tugas-tugas yang lebih kompleks dalam membangun algoritma yang mungkin dapat membantu memajukan ilmu pengetahuan mutakhir.
“Ahli bioinformatika sebenarnya menghabiskan banyak waktu hanya melakukan pekerjaan monyet dalam menjalankan perangkat lunak untuk ahli biologi,” kata Poslavsky. “Untuk memproses data ini, Anda perlu memiliki mesin Linux, menggunakan SSH, menjalankan perangkat lunak yang kompleks untuk menyelesaikan analisis dan mendapatkan wawasan dari data tersebut.”
“(Seorang dokter) tidak memiliki keahlian untuk melakukan hal ini di Linux, pada cluster HPC (high performance computing), karena ada hal lain yang harus dia lakukan. Dan itulah yang dilakukan sebagian besar ahli bioinformatika di perusahaan dan akademisi, ini sebenarnya hanyalah pekerjaan bulanan dalam menjalankan alat tersebut.”
Pada hari Kamis, MiLaboratories secara resmi meluncurkan SDK-nya, Platforma.bio, yang memungkinkan pengembang pihak ketiga untuk menyumbangkan aplikasi — meskipun sudah dalam pengujian alfa dan beta selama beberapa tahun. (Poslavsky mengatakan “sekitar 300 laboratorium” telah menggunakan versi beta, dan “sekitar 20” aplikasi telah tersedia melalui platform, sejauh ini.)
“Aplikasi pertama yang tersedia di platform ini didasarkan pada aplikasi biologis dan bioinformatika kami, yang sangat populer. . . (dengan) perusahaan dan orang-orang yang terlibat dalam pengembangan terapi kekebalan. Tapi kami sudah melakukannya. . . pilihan kolaborasi yang hebat dan orang-orang yang ingin membawa aplikasi mereka ke platform, baik dari akademisi maupun industri,” tambahnya.
Startup yang didirikan pada tahun 2021 ini juga mengumumkan putaran pendanaan Seri A senilai $10 juta untuk melanjutkan pengembangan, dengan fokus berinvestasi dalam pembangunan komunitas.
“Alasan utama penggalangan dana hanyalah untuk memberikan lebih banyak bantuan terhadap pengembangan platform kami. Kami merekrut lebih banyak insinyur. Kami mempekerjakan orang-orang yang disebut sebagai pendukung pengembang, yang menyebarkan teknologi ini – terutama – kepada komunitas akademis, karena sebagian besar perangkat lunak bioinformatika dikembangkan di dunia akademis.”
“Untuk tahun mendatang (kami akan) fokus menyebarkan teknologi ke masyarakat, dan melibatkan komunitas untuk membangun aplikasi mereka, menggabungkan perangkat lunak yang ada, untuk menyampaikannya melalui platform,” tambahnya.
Seri A MiLaboratories dipimpin oleh Kfund yang berbasis di Madrid, dengan partisipasi dari Acrobator Ventures, EGB Capital, Courtyard Ventures, Somersault Ventures, Speedinvest, dan Ten13.
Mengomentari pernyataan tersebut, Miguel Arias, mitra umum Kfund, mengatakan: “Berinvestasi pada platform yang menjembatani kesenjangan antara pengembang (dalam hal ini ahli bioinformatika) dan pengguna bisnis (dalam hal ini ahli biologi) adalah inti dari apa yang ingin kami lakukan. . dalam dana kami. Ada potensi luar biasa dalam mendemokratisasi akses terhadap data kompleks yang memungkinkan penyampaian wawasan imunologi.”
MiLaboratories menawarkan perangkat lunaknya secara gratis kepada akademisi tetapi juga menghasilkan pendapatan melalui model berbayar untuk pengguna komersial. Menurut Poslavsky, startup tersebut mendekati 100 pelanggan yang membayar pada tahap ini.
“Banyak perusahaan farmasi besar – seperti Moderna, Bristol-Myers Squibb – mereka adalah pelanggan kami,” katanya, sambil menambahkan: “Kami memiliki pendapatan – pendapatan yang baik – memungkinkan kami untuk tidak terlalu bergantung pada uang ventura.”
Pada awal tahun 2022, startup ini mengumpulkan dana awal sebesar $2,5 juta. Sebelumnya ia juga mengambil bibit kecil dari beberapa bidadari.
Membahas tantangan pengembangan platform biologi komputasi, Poslavsky mengatakan banyaknya volume data yang dihasilkan oleh NGS membuat para startup harus memberikan perhatian yang sangat cermat untuk memastikan efisiensi pemrosesan guna menghindari “biaya gila-gilaan”.
“Jumlah data yang dihasilkan di luar angkasa sebenarnya sangat gila,” tegasnya. “Perusahaan farmasi besar, pelanggan kami. . . mereka memiliki data genetik berukuran petabyte yang dihasilkan sejauh ini. Jadi skalanya sangat besar.”
MiLaboratories telah mengembangkan apa yang Poslavsky sebut sebagai teknologi “sangat canggih” dan “terbukti secara matematis” yang memungkinkan berbagai perhitungan dilakukan dengan “cara yang sangat optimal.” Dia menyarankan teknologi ini – yang telah dia patenkan – memungkinkan platform mencapai efisiensi 10x dibandingkan dengan beberapa jenis alur kerja komputasi lainnya.
“Itu adalah hal yang sangat penting. Hal ini tersembunyi dari pandangan ahli biologi — karena proposisi berharga bagi ahli biologi adalah 'Saya ingin mengklik tombol dan mendapatkan wawasan' — namun hal ini penting bagi pemilik bisnis.”
Dari segi persaingan, Poslavsky menyebut Seqera (dan perangkat lunak Nextflow-nya) sebagai pesaing terdekat — dalam hal popularitas dan proposisi nilai. Ada juga alat sumber terbuka untuk pemrosesan NGS, seperti Galaxy, namun MiLaboratories menganggap platformnya menawarkan kepada para peneliti rute yang lebih mudah diakses menuju wawasan data.
NewsRoom.id
